Випадково вляпавшись у токсичні речовини, чотири маленькі черепашки мутують та перетворюються на великих антропоморфних черепах. Їхнім наставником стає величезний щур Сплінтер, який у попередньому житті був майстром бойових мистецтв. Виховуючи підлітків-черепах, щур дав їм імена видатних митців епохи Ренесансу: Леонардо, Рафаель, Мікеланджело та Донателло. Він вчить їх жити непомітно та не втручатися в справи людей, що живуть над каналізацією. Втім, допитливі підлітки не можуть сидіти спокійно...