Черепашки-ніндзя Леонардо, Рафаель, Мікеланджело та Донателло разом зі своїм учителем — щуром-мутантом Сплінтером живуть у каналізації Нью-Йорка. Їхня подруга Ейпріл О'Ніл, яка працює журналісткою на телебаченні, купує в подарунок черепашкам стародавній японський скіпетр. У той же момент артефакт, який виявився машиною часу, переносить її в середньовічну Японію. Герої завдяки винаходу Донателло вирушають за нею, але опиняються не в храмі, де опинилася Ейпріл, а на полі битви. Під час битви із самураями черепашки втрачають Мікеланджело та скіпетр. Членам команди, що залишилися, доводиться не тільки шукати брата і подругу, але ще й битися з найкращими воїнами Японії...