Після перемоги над лиходієм Шреддером черепашки-мутанти Леонардо, Рафаель, Мікеланджело і Донателло та їхній учитель, мудрий Сплінтер, тимчасово оселилися у журналістки Ейпріл О'Ніл. Під час зйомок чергового репортажу Ейпріл робить кадри дивного розбитого контейнера, в якому Сплінтер упізнає ящик з мутагеном. Незабаром з'ясовується, що повалений Шреддер викрав генетика Джордана Перрі і змушує його створювати нових мутантів спеціально для того, щоб боротися із черепашками-ніндзя. Разом зі своїми новими підручними глава клану Фут бере в полон Рафаеля. Братам вдається звільнити його, але Шреддер сам приймає мутаген і стає гігантом Супер-Шреддером...