Події розгортаються через роки після подій першого фільму. Крістофер і його дочка Шерон, які зуміли вибратися з Сайлент Гілла, змушені регулярно міняти місце проживання, намагаючись сховатися від секти. Батько і дочка змінили імена на Гаррі й Гізер, проте, не дивлячись на всі запобіжні заходи, минуле все одно наздоганяє їх. Якось повернувшись додому, Гізер виявляє зникнення батька, окультний символ на стіні та повідомлення: «Вирушай у Сайлент Гілл», що змушує її відправитися в прокляте місто...