Томас Андерсон — відомий розробник комп'ютерних ігор про Матрицю, який живе в Сан-Франциско, регулярно відвідує психотерапевта та приймає сині пігулки. Тим не менше чоловік, який все частіше помічає дива в оточенні і відчуває дежавю, починає згадувати уривчасті деталі зі свого минулого, які тільки посилюються після зустрічі з жінкою на ім'я Тіффані, що здається йому знайомою. Замкнений у віртуальному світі, поступово головний герой знаходить у собі сили вирватися з матриці, щоб знову очолити людство у війні з машинами.