Місія Нео полягала в тому, щоб перезавантажити матрицю і врятувати людей Зіону. Але він, почувши від провидиці, що не є Обраним, вирішує рятувати від загибелі Триніті. Сміт, перетворившись в безліч копій себе, поступово руйнує матрицю. Він, поглинувши провидицю, тепер знає майбутнє людей. Машини стають сильними і готуються до нападу на Зіон з метою знищити залишки опору. Морфеус розчарований, але не перестає вірити, що Обраний врятує народ. Жителі Зіону розуміють — вони слабкі, але, не випускаючи з рук зброю, намагаються протистояти численним машинам...