Жителі Зіона, єдиного міста людей, дізнаються, що Армія Машин готується напасти на них — в даний момент до Зіону наближає величезний бур, здатний пробити його стіни. Нависла загроза і нерівність сил супротивників спонукають Нео і його команду до активних дій.
Морфеус вірить, що Нео може їх врятувати, але для цього Обраному потрібно поспілкуватися з Піфією, яка повинна донести до нього другу частину свого передбачення. При цьому їм заважає агент Сміт, який став самостійною програмою в Матриці...