Снейк Айз — обдарований воїн без дому, без близьких і без цілей. Єдине, чого він дійсно хоче, — помститися таємничому вбивці свого батька, якого втратив ще в дитинстві. Одна зустріч назавжди перевертає його життя: Снейк Айз рятує від розправи полоненого незнайомця з поглядом «людини честі». Цим звільненим бранцем виявляється майбутній глава великого клану Арашікаге, який століттями захищає мир і порядок. Тепер же клану і всьому людству загрожує зловісна терористична організація, відома як «Кобра».