Уряд відправляє загін «G.I. Joe» на чергове завдання, але воно виявляється пасткою, в якій гине майже вся команда. Членів «G.I. Joe», які залишився в живих, звинувачують у зраді, і охорону держави доручають «Кобрі». Тепер спецпризначенці повинні діяти ще обережніше. У героїв є всього один шанс розібратися в тому, хто ворог, а хто друг. Благо в керівництві армії США залишилися союзники. Заручившись підтримкою генерала Колтона, команда кидає виклик «Кобрі»...