Спецпризначенці Дюк і Ріпкорд супроводжували небезпечний вантаж, коли їх конвой потрапив у засідку, організовану Аною Льюїс, колишньою нареченою Дюка. Велика частина їх групи загинула, але у вирішальний момент їм на допомогу прийшли бійці з секретного підрозділу «G.I. Joe», очолюваного генералом Ебернейті. Унікальний загін протистоїть злочинному конгломерату «Кобра», чий лідер прагне світового панування. Дюк і Ріпкорд отримують можливість приєднатися до команди «G.I. Joe», щоб разом битися з найнебезпечнішим противником у світі...