Після пригод на Мадагаскарі лев Алекс, зебра Марті, жираф Мелман і бегемотиха Глорія разом зі своїми друзями намагаються повернутися до Нью-Йорка. Проте їхня подорож іде не за планом, і вони опиняються в самому серці Африки. Для Алекса ця подорож стає особливою, адже він уперше стикається зі світом, з якого походить, тоді як його друзі переживають власні пригоди та несподівані зміни в житті. У новому середовищі на них чекають кумедні ситуації, непрості випробування та відкриття, які допоможуть кожному з них по-новому подивитися на себе і своїх друзів.