Дія розгортається через два місяці після того, як черепашки-ніндзя героїчно врятували Нью-Йорк від мутанта, який набув форми гігантського кайдзю. Головні герої ведуть розмірений спосіб життя в нью-йоркській каналізації, але все змінюється, коли брати змушені розділитися і вступити в протистояння з нещадним лиходієм на ім'я Бішоп, який використовує армію роботів для реалізації своїх підступних планів. Зіткнувшись із серйозною загрозою, черепашки-ніндзя мають знайти спосіб того, як возз'єднатися, щоб перемогти Бішопа.