Черепашки-мутанти Леонардо, Донателло, Рафаель і Мікеланджело за допомоги їхнього наставника, щура-мутанта Сплінтера, який у минулому був майстром ніндзя, та із репортеркою Ейпріл О'Ніл борються зі злом у особі істоти Кренга з Виміру Ікс, та з його союзником, ніндзя Шреддером, давнім ворогом Сплінтера, та багатьма іншими злочинцями. Протягом серіалу черепашки набувають не лише багатьох ворогів, але й союзників — борця зі злочинністю Кейсі Джонсона, відомиого своїми жорстокими методами, команду підлітків Нейтрино з Виміру Ікс, супергероя Людину-жука, підлітка Зака, молодого мотоцикліста Картера та відважних жаб-панків.