Після таємничого зникнення членів команди Ліги справедливості Лоїс Лейн і Джиммі Олсен, які переслідують похмуру істоту, вирішують заручитися підтримкою «Mystery Inc.». Прямуючи до Метрополіса, Скубі-Ду та його вірні друзі з'ясовують, що мегаполіс наповнений впливовими суперлиходіями, які відчули свободу, коли Ліга справедливості перестала становити небезпеку для їхньої діяльності. Вирішивши розслідувати таємницю зникнення Ліги справедливості, допитливий Скубі-Ду і команда вирушають назустріч черговим пригодам, у яких їхнім відданим соратником стає суперпес Крипто.