Сонік святкує річницю свого прибуття на Землю і разом із Наклзом та Тейлз намагається працювати спільно як команда супергероїв. Їхні веселощі перериває поява нового могутнього противника — таємничого інопланетного їжака на ім'я Шедоу, який зумів втекти з надсекретної військової бази, де перебував у стазисі протягом 50 років. Вкрай сильний і майже невразливий, він обрушує свій гнів на Землю, оскільки прагне помсти за загибель коханої людини. Щоб його зупинити, головні герої змушені звернутися по допомогу до свого заклятого ворога — доктора Роботніка.