Незважаючи на перемогу над лідером «Клану Фут» Шреддером і порятунок Нью-Йорка, четверо братів мутантів-черепах — Леонардо, Донателло, Мікеланджело і Рафаель — не наважуються заявити людям про своє існування і ховаються в каналізації. Їх подруга журналістка Ейпріл О'Ніл повідомляє, що зламала комп'ютер вченого Бакстера Стокмена і знайшла файли, що підтверджують його співпрацю з «Кланом Фут». Також у неї є інформація, що цієї ночі ніндзя збираються визволити Шреддера під час його конвоювання до в'язниці. Черепашкам належить знову зустрітися віч-на-віч зі зловісним Шреддером...