Томас і його супутники змогли подолати численні пастки Лабіринту і пробратися крізь Жаровню. Але їх випробування на цьому не закінчуються. Прокинувшись, Томас дізнається, що не всі з його друзів мають імунітет до смертельного захворювання. Для того щоб знайти ліки, потрібно відновити спогади. Героям пропонують видалити імплантати з голови для повернення пам'яті, але в такому випадку телепатичні здібності Томаса, Терези і Еріс пропадуть. Томас відмовляється видаляти імплантати, а після насильницької спроби провести операцію збігає разом зі своїми друзями. Тепер їхній шлях лежить в Денвер, де герої зможуть знайти відповіді на всі питання і, нарешті, знайти ліки, здатні врятувати людство.