Після подій у Ріо-де-Жанейро Блу, Джуел та їхні троє дітей живуть щасливим життям серед людей. Коли стає відомо про можливе існування інших синіх ара в глибині Амазонії, Джуел переконує родину вирушити до джунглів, щоб діти змогли пізнати життя в дикій природі. Прибувши до Амазонії, Блу та його близькі несподівано знаходять велику колонію синіх ара, серед яких виявляються родичі Джуел. Тим часом на птахів чекають нові небезпеки: старий ворог знову дає про себе знати, а діяльність людей загрожує існуванню лісу та його мешканців.