Штучний інтелект під назвою Сутність проникнув у розвідувальні мережі по всій планеті та взяв під контроль більшу частину світового ядерного арсеналу, плануючи найближчими днями зробити вирішальну атаку на людство. Прагнучи запобігти апокаліпсису, Ітан Гант шукає спосіб проникнути на затонулий руснявий підводний човен «Севастополь», де повинен знаходитися ключ до початкового коду Сутності. У ході цієї смертельно небезпечної місії він отримує можливість звести старі рахунки з агентом-відступником Габріелем.