Паддінгтон у супроводі сім'ї Браун вирушає з Лондона до рідних тропічних лісів Південної Америки, щоб відвідати в заповіднику для літніх ведмедів свою тітку Люсі, яка за ним сильно сумує. Довгоочікуваної зустрічі не відбувається, оскільки незадовго до їх прибуття літня ведмедиця загадковим чином зникає, залишивши у своїй хатині лише окуляри та браслет. Все вказує на те, що тітка Люсі пішла в джунглі, щоб знайти легендарне загублене місто Ельдорадо. Вирушивши її слідами, головні герої об'єднують зусилля з капітаном річкового судна Гантером Кеботом і його дочкою Джиною...