Історія починається із загадкового нападу на інститут Ксав'є, внаслідок якого безслідно зникають Професор Ікс та Джин Грей, а команда мутантів починає розпадатися: Циклоп впадає в депресію після втрати своєї коханої, Колос їде до росії, Шторм до Африки, а Айсмена забирають додому батьки. Через рік ворожа організація, підтримувана урядом, починає полювання на мутантів, через що Логану доводиться втрутитися, очолити своїх товаришів і відновити пошуки Професора Ікс, який весь цей час утримується в лігві Магнето...