Коли останній Ангел був переможений, штаб-квартира NERV та пілоти Єви вважають, що їхнє завдання виконане. Однак незабаром стає очевидним, що все, за що вони боролися, — це брехня. Насправді SEELE, секретний підрозділ NERV, хотів знищити Ангелів, щоб реалізувати проєкт вдосконалення людини та вивести існування людини на новий рівень. Коли співробітники SEELE виявляють, що директор NERV Гендо Ікарі зрадив їх, щоб використовувати проєкт для досягнення власних цілей, починається масовий штурм Токіо-3, а майбутнє людства опиняється в руках 14-річного Сіндзі...