Події розгортаються навколо юного хлопця Кубо. Він уміє поводитися з магічним сямісен, японським струнним інструментом, а ще Місячний король викрав ліве око Кубо, коли той був малюком. Кубо живе тихим і спокійним життям у невеликому прибережному селі, але раптово духи минулого перевертають все з ніг на голову, розпалюючи давні суперечки та відновлюючи вендету. У супроводі антропоморфної мавпи і жука Кубо вирушає на пошуки чарівних обладунків, які колись належали його батькові, легендарному воїну-самураю, адже тільки вони можуть врятувати хлопця від переслідування мстивих духів.