Мері — дівчинка з нещасливою долею. Через нещасний випадок її батьки загинули. Залишившись сиротою, дівчинці довелося дуже швидко впоратися з власним горем, оскільки тепер вона сама відповідає за власне життя, часу на почуття і емоції не залишається. Незабаром право опіки над Мері отримує її дядько, до якого вона переїжджає жити. Виявляється, що він мешкає у великому і таємничому будинку, який так і хочеться обстежити. Однак ще більше здивування у дівчинки викликає сад, розташований за будинком: крім безлічі незвичайних рослин, тут є і якісь дивні пристосування, які можуть творити диво. Мері береться дуже ретельно обстежувати це чарівне місце, намагаючись з його допомогою знайти спосіб вилікувати свого хворого двоюрідного брата. Адже він страждає від якоїсь загадкової хвороби, а значить, і вилікувати його можна за допомогою таких же загадкових ліків...