Коли на злочинців Ґотем-Сіті нападають таємничі істоти, схожі на величезних черепах, Бетмен разом зі своїми вірними союзниками вирішує розшукати та зупинити непроханих гостей, приймаючи їх за нових лиходіїв. Але незабаром з'ясовується, що чужинці на його боці, адже вони — легендарні Черепашки-ніндзя, які, як і сам Брюс Вейн, є борцями зі злом. Лео, Раф, Майкі, і Донні прибули до Ґотем-Сіті з метою завадити мерзенним планам Шреддера, який уклав союз із Ра'с аль Гулом. Для того, щоб підвищити шанси на перемогу, Черепашкам доведеться наслідувати приклад свого супротивника та об'єднатися з Бетменом і його командою.