Допитливі старшокласники та ненажерливий пес, що створили власну детективну агенцію «Таємниця» знову у справі! Як і раніше німецький дог на прізвисько Скубі-Ду, його господар Шеггі Роджерс, а також їх найкращі приятелі Велма Дінклі, Фред Джонс і Дафна Блейк беруть участь у розслідуванні надприродних подій та таємничих пригод, де замішані підставні привиди, вампіри, зомбі та інші монстри. Ключовою особливістю шоу є присутність в епізодах реальних знаменитостей кіно та телебачення або відомих художніх персонажів.